La Rioja es la segunda comunidad que más porcentaje de muestras de SARS-COV-2 secuencia en España. Entre 591-788 pruebas por cada 100.000 habitantes. El equipo liderado por la química y bioinformática María de Toro, además divulgadora científica bajo el nombre de @misssalmonela en redes sociales, es el que lo hace posible.
Tres personas que se encargan de preparar las muestras, dejarlas a punto para que sean leídas por lo que ella llama ‘la lupa gigante’ para terminar computándolas y sacar así millones de datos que sirven para seguir la pista del coronavirus. En una mesa del laboratorio se encuentran María y Diego, las manos del proceso. En otra, un poco más atrás, otras dos investigadoras del CIBIR acaban de laminar cerebros de ratones. “La secuenciación no es tan glamurosa”, bromea María de Toro.
¿Cómo es posible que una comunidad tan pequeña como La Rioja esté entre las comunidades que más secuencian? Ella lo tiene claro. En el CIBIR llevaban años ya trabajando en la secuenciación de otro tipo de patógenos. Sólo hubo que modificar los protocolos. Se podría hacer mucho más si se contase con más gente, pero contra ese muro se dan de cabezazos todos los científicos en todas partes del mundo.
Sergio Martínez es el gerente de la Fundación Rioja Salud. Él es claro al respecto: “Estar en esos niveles de secuenciación nos demuestra el enorme esfuerzo que ha hecho el personal que secuencia cifras por encima de las que pide el Ministerio y que han trabajado de la mano de forma colaborativa con el laboratorio del hospital San Pedro. Además, demuestra el extraordinario músculo de investigación del CIBIR que se ha adaptado a la pandemia sin dejar de lado otros proyectos que teníamos entre manos”.
Casi al mismo tiempo que llegaron los primeros casos de COVID a España, el grupo de María de Toro se unió a la plataforma SeqCOVID que ya implica a más de 40 hospitales y centros de investigación como el CIBIR. “La Rioja empezó a secuenciar desde el minuto cero porque estábamos preparados para ello y colaboramos en que otras comunidades pudiesen hacer lo mismo”, señala De Toro.
La secuenciación del virus no sólo hace que se determine la variante que circula por la comunidad, sino que además da mucha más información sobre el mismo. “Con la secuenciación estamos viendo las 30.000 letras del virus, ahora esta información está sirviendo a Salud Pública para determinar las variantes, para tomar unas medidas u otras, pero de cara al futuro nos va a dar mucha más información. Ya estamos empezando diferentes proyectos para saber qué es lo que realmente ha pasado, cómo se ha comportado cada variante en cada ola…”, explica.
Podría parecer que lo más sencillo sería entonces secuenciar cada muestra, cada PCR que se hace, pero es prácticamente imposible. “En Dinamarca están en torno al 90 por ciento de pruebas secuenciadas, en Reino Unido las cifras son similares, nosotros en La Rioja secuenciamos el 10 por ciento”. La realidad es que el Ministerio de Sanidad marca que hay que secuenciar entre el 5 y el 10 por ciento y La Rioja llega a ese máximo.
“Además, creemos que es una muestra lo suficientemente representativa para que nos dé una visión bastante global de lo que puede estar pasando”, explica. “Es verdad que con esos porcentajes, cuando el virus circula en muy baja proporción, como puede estar pasando ahora con la subvariante de Ómicron, es difícil pillarlo”, advierte recordando lo que les costó encontrar Delta. “Sabes que está circulando, pero no hay forma de encontrarla”.
Las muestras que llegan al laboratorio lo hacen a través de dos protocolos diferentes. Unas son aleatorias, otras ya vienen condicionadas. “Las aleatorias son totalmente a ciegas, de las PCR que se han hecho a lo largo de la semana se cogen al tuntún el porcentaje que necesitamos, esas nos indican el porcentaje real de la variante que está circulando”, explica.
Las otras vienen por diferentes vías: personas que llegan de países donde circula determinada variante, brotes, residencias de mayores… “En un momento de la pandemia también secuenciábamos los fallos vacunales y las reinfecciones porque eran situaciones extraordinarias, pero ya no lo son”, apunta la bioinformática.
Además, hay un tipo de PCR muy concreto que ofrece una sospecha sobre qué variante puede ser la que ha infectado al enfermo. “En ese caso se secuencian para confirmar, pero hay que tener en cuenta que esas PCR amplifican 200 letras del genoma mientras que nosotros vemos las 30.000 que tiene”, explica demostrando la capacidad de lectura que tienen las pruebas que ellos hacen en el CIBIR.
Entre las pruebas aleatorias que se escogen de cada semana se mezclan las muestras. “Les ponemos una especie de código de barras molecular para luego distinguir cada una de ellas”, cuenta María que indica que ese es uno de los motivos por los que no se puede secuenciar todo; no existen suficientes ‘códigos de barras’.
Se confiesa una “friki” del estudio de las variantes. La pillamos mirando los datos de la subvariante BA.2. de Ómicron en Dinamarca. “Parece que está aumentando”, dice señalando una maraña de trazos de diferentes colores y que ella solo entiende en su ordenador. Aún así se muestra sorprendida que el resto de la población esté tan pendiente de ellas.
“Al final las medidas para evitar la enfermedad son las mismas para una u otra variante; nosotros podemos hacer mucho por frenar la transmisión del virus: mascarillas, ventilación…”, y aún detalla más: “Las variantes nacen de un proceso natural cuando el virus copia su genoma para crear su descendencia y en esa copia, a veces, hay algún fallo tipográfico”.
La tasa de mutación del virus es de dos cambios de “letra” al mes, aproximadamente. “Pero se trata del mismo virus. Se han encontrado ya más de 10.000 variantes y, sin embargo, sólo ponemos el punto de mira en cinco o seis que son las que se han comprobado que dan o mayor transmisión o mayor índice de letalidad y las protagonistas de las grandes olas que hemos vivido”, detalla.
No se atreve a poner fecha de caducidad a la pandemia. “Hay un dogma que dice que los virus tienden a mutar en variables más transmisibles pero menos letales, pero los virólogos nos recuerdan que esto no tiene por qué ser siempre así. Ómicron ha demostrado que es más transmisible y más leve pero en esto último hay que ponerlo en cuarentena porque tenemos unas grandes tasas de vacunación y además pillamos a los más vulnerables con la tercera dosis puesta hacía muy poco tiempo”, asegura. Va más allá: “Si Ómicron nos hubiese pillado sin vacunar en la primera ola estoy segura de que los hospitales hubiesen estado mucho más colapsos de lo que lo estuvieron, por esa gran transmisión que tiene”.
¿Gripalización del COVID? “Que la pandemia pase a ser endemia no tiene por qué ser mejor, no es volver a 2019 porque el virus no va a pasar de tres mil a cero en un momento, no va a desaparecer, otra cosa es que dejemos de hacerle tanto caso”, asegura. “Llevamos dos años de pandemia y eso para nosotros está siendo una eternidad, pero para un virus eso no es nada. ¿Cuánto tiempo lleva circulando la gripe?”, se pregunta.
