Fue fundado en 1603 y por él han pasado varias congregaciones. Desde 1970 lo hace la congregación de los padres carmelitas de la provincia de San Joaquín de Navarra, pero la falta de hermanos en los últimos hacen que su vida en la ciudad penda de un hilo. Así lo han hecho saber los padres carmelitas a algunos de los grupos de oración con los que aún cuentan.
En la actualidad son tres padres los que viven en el convento y la congregación pretende cerrar dos conventos. Uno de ellos sería el de Calahorra. No será inmediatamente, según ha podido saber NueveCuatroUno, pero sí es posible que sea a lo largo del año, dejando así margen a las bodas y comuniones que hay previstas para los próximos meses.
En estos momentos, y a falta del capítulo que debe celebrarse en el mes de abril, el cierre del convento supondría también el cierre del santuario y la pérdida de una de las tradiciones más arraigadas en la ciudad como es la celebración en este emplazamiento de la Virgen del Carmen el 16 de julio.
La pérdida de patrimonio visible en la ciudad también podría ser importante, ya que la imagen de la Virgen del Carmen que se encuentra en el interior del santuario es una imagen barroca atribuida a Gregorio Fernández.
